Každý zápis v Deníku záloh může být proveden jako účetní nebo neúčetní (omezení může být zadána pro daný Deník záloh v nastavení Listu deníku záloh, viz. kapitola Listy deníku záloh). Na vnitřní chování modulu Zálohové faktury, toto rozlišení nemá bližší význam.

Zápisy účetní i neúčetní je možné libovolně kombinovat, v Položkách záloh jsou zaúčtovány obdobně (pouze si drží příznak, zda byly zaúčtovány jako účetní zápisy).

Příznak, zda je zápis účetní nastavuje manuálně uživatel.

Jediný rozdíl je při účtování z Deníku záloh. Pokud je zápis účetní, při účtování se zároveň vedle Položkám záloh tvoří a účtují zápisy ve Finančním deníku. Zaúčtováním účetního zápisu zároveň dojde k vytvoření pohybů na kontech účetní osnovy - k vytvoření Věcných položek.

Naproti tomu neúčetní zápisy při účtování vytvoří pouze Položky záloh, ale žádné pohyby na kontech účetní osnovy.

Poznámka: při účtování účetních zápisů v Deníku záloh nemusí vždy vzniknout Věcné položky, tj. pohyby na kontech účetní osnovy.

Tyto pohyby na kontech účetní osnovy nevzniknou, pokud jsou účtovány pouze podrozvahové doklady (např. typ zálohová faktura) a zároveň není v dané Účto skupině záloh podrozvahové účtování zapnuto.